Темрюк стал портовым городом по указу императора Александра II в 1860 году — до этого поселение было станицей Темрюкской. Новый статус дал толчок развитию, но изменил привычный уклад: казаки, потерявшие привилегии и переведённые в мещанское сословие, покидали город, продавали имущество и уходили в ближайшие станицы, а на их место прибывали иногородние.

История города уходит в XVI век, а название связано с именем кабардинского князя Темрюка Идаровича, тестя Ивана Грозного. В 1556 году при поддержке русских войск здесь построили деревянную крепость, но статус поселения менялся: в 1821 году оно называлось местечком, в 1831-м — куренем, с 1842 года — станицей Темрюкской.

Современный облик города начал складываться после переселения черноморских казаков в 1792 году, первую «селитьбу» основал полковой хорунжий Демьян Поночёвный. До 1800 года строительство шло медленно — появилось 17 глинобитных хат.

По переписи тех лет мещане и цеховые составляли 83% населения, крестьяне — 11%, а казаки, дворяне и купцы делили оставшиеся проценты. В центре селились знать и купечество, отставные солдаты облюбовали северный склон горы Миска, где появилась «Солдатская слободка», а бедные горожане осваивали левый берег Кубани — там образовался «Замостянский» посёлок.

Женскую грамотность в городе подняло Мариинское женское училище, учреждённое императорским указом 1898 года и открывшее двери 26 сентября 1899 года. Там учили не только грамоте и счёту, но и манерам, рукоделию и ведению хозяйства, позже при училище открылись педагогические курсы, выпускавшие первых учительниц для начальных классов края. Здание не сохранилось, но с него началась история массового женского образования в Темрюке.

Промышленность развивалась быстро: в 1870-х годах в городе было тринадцать кирпичных заводов, а в 1890 году, когда население превысило 15 тысяч человек, работали мыловаренный и кожевенные заводы, восемь маслобоен, паровая мукомольная мельница, семнадцать ветряных мельниц, рыбоснетные заведения и пять бондарен. Основным пассажирским путём была река Кубань: между Темрюком и Екатеринодаром ходили пароходы, поездка против течения занимала почти весь день, а в советские годы от причала отходили катера и теплоходы, пока речные рейсы не вытеснили автомобильные дороги.

Город рос стремительно: в 1860 году в Темрюке насчитывалось 4 723 жителя, к 1890-му — более 15 тысяч, к 1912 году — 20 392 человека. Основу населения составляли русские и украинцы, но на улицах можно было встретить греков, грузин, армян, поляков, черкесов, осетин, немцев, евреев, татар, цыган и даже французов.